SLiCE 克隆计算器
用廉价的细菌裂解液做无缝克隆 —— 设定同源臂长度并得到重组序列。
同源臂越长重组效率越高,但合成成本也越高。
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载体与插入片段序列都需要填写。
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功能简介
SLiCE(Seamless Ligation Cloning Extract)是实验室自制的试剂:表达 λ Red 重组系统的大肠杆菌裂解液。它在体外连接带同源末端的 DNA 片段,以几乎为零的试剂成本实现类 Gibson 的无缝克隆。
原理与公式
工具取载体末段 N 个碱基作为其 3′ 臂,插入片段首尾各 N 个碱基作为其 5′ 与 3′ 臂,载体首段 N 个碱基作为其 5′ 臂,产物为「载体 + 插入片段核心区」。四条臂全部列出,方便你直接粘进引物订购表。
演算示例
臂长设为 25 bp 时,3.0 kb 载体与 1.2 kb 插入片段得到 4.2 kb 产物,并列出四条 25 bp 臂序列,分别加到载体引物与插入片段引物上。
适用场景
适合在不购买商业预混液的前提下做类 Gibson 无缝克隆、同时组装多个片段,或用于预算有限的教学实验。
常见问题
- SLiCE 的同源臂该多长?
- 常用默认 25 bp,多数构建都适用。短至 15 bp 也可能成功;片段较大时把臂长提到 50 bp 能提高效率。
- PCR 产物需要纯化吗?
- 强烈建议纯化。残留的引物与模板会与目标重组竞争,抬高背景。
- SLiCE 与 Gibson 一样吗?
- 结果相同(无缝连接),但试剂不同。Gibson 是成分明确的三酶混合液,SLiCE 是带重组活性的粗制细胞裂解液。
- SLiCE 能组装两个以上片段吗?
- 可以。多片段组装原理相同,但片段越多效率越低;每个接缝都要设计各不相同的同源臂。