反向互补
DNA 反向互补序列
计算 DNA 序列的反向互补链。
长度:0 个碱基
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功能简介
反向互补序列是指将 DNA 或 RNA 链先取互补碱基(A↔T、C↔G;RNA 中以 U 代替 T),再反向排列后得到的序列。它就是互补链按标准 5'→3' 方向书写的形式,也是设计引物、探针和克隆时真正需要的序列。双链 DNA 由两条反向平行的链组成,而多数数据库(GenBank、引物订单)只列出其中一条。按需翻到另一条链是序列处理的常规操作。
原理与公式
分两步:(1) 互补——将每个碱基替换为其配对碱基(A↔T、C↔G;RNA 中 A↔U);(2) 反向——将结果倒序读出。RNA 用尿嘧啶(U)替代胸腺嘧啶(T)。由于聚合酶沿 5'→3' 方向延伸,与参考序列反向链配对的引物必须按反向互补链订购,而不是简单互补。输入支持大小写混排与空白字符,存在唯一配对时保留 IUPAC 简并碱基。
演算示例
序列 5'-ATGC-3'。互补:TACG。反向:GCAT。反向互补:5'-GCAT-3'。仅取互补(不反向)的结果为 5'-TACG-3'。试一条短寡核苷酸 5'-ACGTTTGA-3':其反向互补为 5'-TCAAACGT-3',可逐碱基验证。回文型限制酶切位点(如 EcoRI 的 5'-GAATTC-3')的反向互补是它自身,用本工具一验即知。
适用场景
用于设计 PCR 引物与测序引物、标注互补链、规划酶切或克隆步骤,以及核对反义链或 siRNA 序列。它也是判断两条序列是否为同一链反向书写的标准方法,还可用于制备反义探针序列。
常见问题
- 什么是 DNA 反向互补?
- DNA 反向互补链是将原序列反转,并将每个碱基替换为其互补碱基:A↔T、C↔G。它表示按 5'→3' 方向读取的互补链。例如,5'-ATGC-3' 的反向互补是 5'-GCAT-3'。
- 如何求 DNA 序列的反向互补?
- 将 DNA 序列粘贴到上方输入框,反向互补会随输入即时计算。仅 A、C、G、T(不区分大小写)会被互补;IUPAC 简并码(R、Y、N 等)按原样保留。
- 互补序列与反向互补序列有什么区别?
- 互补序列只将每个碱基替换为配对碱基,并保持原 5'→3' 顺序(ATGC → TACG);反向互补序列还会将顺序颠倒(ATGC → GCAT)。引物与互补链使用的是反向互补序列。
- 可以处理 RNA 的反向互补吗?
- 可以。RNA 以尿嘧啶(U)替代胸腺嘧啶(T),因此 A 与 U 配对。输入 RNA 序列后,工具会按 A↔U、C↔G 返回其反向互补。