寡核苷酸计算
寡核苷酸计算器
分子量、摩尔消光系数，以及配成 100 µM 需要加多少水。
含 U 的序列按 RNA 计算。
粘贴寡核苷酸序列即可计算其性质。
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功能简介
从合成公司寄来的每管寡核苷酸都只有一个 OD260 数值，却不告诉你该加多少水。体积算错的结果，要么是浓度太稀没法用，要么得重新下单。这个计算器直接用序列本身把答案算出来。
原理与公式
分子量来自把每个碱基的残基质量相加、减去形成每个磷酸二酯键脱去的水、再加上末端的水。摩尔消光系数用 260 nm 下的单碱基吸光系数加和，其中 G 和 C 的贡献占主导。再由比尔定律得到产量：1 OD260 对应 10⁶/ε 纳摩尔的寡核苷酸，除以目标浓度就是复溶体积。由于 ε 取决于实际碱基组成，同样长度的两条引物所需水量可能差不少——全 G/C 的 20-mer 消光系数大约是全 A/T 20-mer 的两倍。
演算示例
点「加载示例」，序列 5'-CACGCACCTAACAGTCTAAG-3'。计算器给出 20 nt、GC 50%、单链分子量 4,957.74 g/mol、摩尔消光系数 220,200 L·mol⁻¹·cm⁻¹。换算下来 1 OD260 含 4.54 nmol，因此 1 OD 的干粉需要加 45.4 µL 水才能配成 100 µM——引物工作储存液的标准浓度。
适用场景
引物到货、不知道该怎么溶的时候用它；把只记录了 µg 的旧引物换算过来也用它；制备连接反应用的双链时，同样需要双链的分子量。它也是快速核对「订购的 5 OD 到底够不够计划的反应用量」的最省事办法。
常见问题
- 分子量是怎么算出来的？
- 把每个碱基的残基质量相加，减去每形成一个磷酸二酯键脱去的水，再加上末端的水。序列含 U 时按核糖核苷酸质量计算，即按 RNA 处理。
- 1 OD260 是什么，为什么重要？
- 指在 1 cm 光程比色皿中吸光度为 1 时对应的寡核苷酸量。合成按 OD 计价与发货，所以 OD 到纳摩尔的换算决定了管里到底有多少产物。
- 为什么不同引物的复溶体积不一样？
- 因为摩尔消光系数取决于序列本身。同样长度下富含 G 的寡核苷酸每摩尔吸光更多，所以 1 OD 里所含的纳摩尔数更少，配成 100 µM 需要的水也更少。
- 该用单链还是双链的数值？
- 订购引物用单链数值——引物到货时就是单链。双链数值适用于已经退火成双链的寡核苷酸，比如发夹结构或双链接头。