质粒设计器
质粒设计器
上传 GenBank 或 FASTA 文件，绘制环状质粒图谱，标注限制酶切位点，并导出 PNG 或 SVG 图谱。
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功能简介
质粒设计器是一款浏览器端工具，可将 GenBank 或 FASTA 序列转换为环状质粒图谱。它标注生物学特征，从内置常用限制酶数据库中发现酶切位点，并将成品图谱导出为 PNG 或 SVG。分子生物学家用它来规划克隆、验证构建体，并无需桌面软件即可生成可用于论文的配图。
原理与公式
工具解析序列及其特征表，并沿以碱基对（bp）为单位的环状坐标系排布特征。它用限制酶识别序列扫描序列；单切点（一个位点）会使质粒线性化为一个片段，多位点则将其切成多个片段，每个片段大小等于环状上相邻切点位置之差。可按“常用”或“单切点”筛选位点，以简化克隆策略。
演算示例
载入内置的 pUC19 示例（2686 bp），勾选 EcoRI 和 BamHI。图谱将各基因与特征显示为彩色弧，两个酶切位点以红色刻度标在其碱基对位置。单酶切 EcoRI 得到一个 2686 bp 的线性片段；与 BamHI 双酶切则把 pUC19 切成两个片段，其大小等于两个切点沿环所夹的弧长。
适用场景
研究者用它寻找多克隆位点中插入基因的独特酶切位点，规划双酶切克隆策略并预测凝胶片段大小，以及为方法部分或实验记录生成带标注的质粒图谱。
常见问题
- 怎么设计质粒图谱？
- 上传 GenBank（.gb）或 FASTA（.fasta）文件，或载入 pUC19 示例。工具会绘制带特征和酶切位点的环状图谱；可缩放、旋转并点击任意位点查看切割位置和片段大小，最后导出为 PNG 或 SVG。
- 怎么在质粒上找限制酶切位点？
- 载入序列后，在左侧面板勾选限制酶。工具会用内置常用酶数据库扫描序列，将每个切点以红色刻度标在环状图谱上，点击即可显示位置和片段大小。
- 什么是单切点酶，为什么重要？
- 单切点酶在质粒上恰好只有一个识别位点，因此酶切会把环状 DNA 线性化为一个片段。单切点酶常用于验证拓扑结构或在唯一位点插入片段；用“单切点”筛选可快速列出它们。
- 怎么把质粒图谱导出成 PNG 或 SVG？
- 载入并标注质粒后，点击 PNG 或 SVG 按钮即可下载图谱。SVG 保留矢量质量适合论文配图，PNG 便于实验记录和汇报使用。