Gateway 克隆计算器

一步定位两条分子上的 attB1 / attB2,并生成表达克隆序列。

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载体与插入片段序列都需要填写。

工具描述

粘贴带 attB1/attB2 的目标载体,以及带同样位点的入门克隆。工具会报告各位点在两条分子上的位置,并给出重组后的表达克隆。

使用说明

载体与插入片段都必须含 attB1 与 attB2。插入片段上两位点之间的区域,会替换载体上两位点之间的区域。

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功能简介

Gateway 克隆源自 λ 噬菌体的位点特异性重组系统:带 attL 位点的入门克隆经 LR 反应把插入片段转移到带 attR 位点的目标载体,得到两侧为 attB 位点的表达克隆。本工具完成的是序列层面的重组。

原理与公式

工具在载体与插入片段上定位 attB1/attB2,然后按「载体开头到 attB1 + attB1 + 插入片段两位点之间的区域 + attB2 + 载体剩余部分」拼出产物。任一条分子缺位点即判为不兼容,并指出找到/缺失了哪些位点。

演算示例

attB1 在第 120 位、attB2 在第 306 位的目标载体,与插入区位于自身 attB1(第 40 位)和 attB2(第 190 位)之间的入门克隆重组,得到的表达克隆中 150 bp 插入区替换了载体上 186 bp 的片段。

适用场景

适合把一批 ORF 转入多个目标载体(全程无需酶切位点),或在转染前确认表达克隆的精确序列。

常见问题

这个工具识别哪些位点?
attB1(ACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCT)与 attB2(ACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTGGT)。载体与插入片段上都必须存在这两个位点。
BP 与 LR 反应要分开做吗?
湿实验上是的:BP 把 PCR 产物转入供体载体得到入门克隆,LR 再把它转入目标载体。本工具模拟的是后一步。
同一个入门克隆能进多个载体吗?
这正是该系统的主要优势。入门克隆一旦建成,同一个插入片段就能转入任意兼容的目标载体而无需重新克隆。
重组后会留下什么?
插入片段两侧各留下 attB 位点,约 25 bp。若插入片段是编码序列,注意它们会成为转录本的一部分。