Gateway 克隆计算器
一步定位两条分子上的 attB1 / attB2,并生成表达克隆序列。
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载体与插入片段序列都需要填写。
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功能简介
Gateway 克隆源自 λ 噬菌体的位点特异性重组系统:带 attL 位点的入门克隆经 LR 反应把插入片段转移到带 attR 位点的目标载体,得到两侧为 attB 位点的表达克隆。本工具完成的是序列层面的重组。
原理与公式
工具在载体与插入片段上定位 attB1/attB2,然后按「载体开头到 attB1 + attB1 + 插入片段两位点之间的区域 + attB2 + 载体剩余部分」拼出产物。任一条分子缺位点即判为不兼容,并指出找到/缺失了哪些位点。
演算示例
attB1 在第 120 位、attB2 在第 306 位的目标载体,与插入区位于自身 attB1(第 40 位)和 attB2(第 190 位)之间的入门克隆重组,得到的表达克隆中 150 bp 插入区替换了载体上 186 bp 的片段。
适用场景
适合把一批 ORF 转入多个目标载体(全程无需酶切位点),或在转染前确认表达克隆的精确序列。
常见问题
- 这个工具识别哪些位点?
- attB1(ACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCT)与 attB2(ACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTGGT)。载体与插入片段上都必须存在这两个位点。
- BP 与 LR 反应要分开做吗?
- 湿实验上是的:BP 把 PCR 产物转入供体载体得到入门克隆,LR 再把它转入目标载体。本工具模拟的是后一步。
- 同一个入门克隆能进多个载体吗?
- 这正是该系统的主要优势。入门克隆一旦建成,同一个插入片段就能转入任意兼容的目标载体而无需重新克隆。
- 重组后会留下什么?
- 插入片段两侧各留下 attB 位点,约 25 bp。若插入片段是编码序列,注意它们会成为转录本的一部分。