定点突变引物设计工具

为点突变、插入与缺失设计背靠背引物对(Q5 体系),并给出突变后产物序列。

0 bp

坐标为 1 起算闭区间。纯插入令起点 = 终点 + 1;纯缺失把替换序列留空。

粘贴模板序列即可设计引物对。

工具描述

粘贴模板,填写要替换的区间(1 起算)与替换序列。工具给出突变后产物,以及一对在 5′ 端携带突变、两侧退火到模板的引物。

使用说明

把起点与终点设为要替换的碱基(1 起算,闭区间)。点突变令起点 = 终点并填入新碱基;插入令起点 = 终点 + 1;缺失则把替换序列留空。

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功能简介

定点突变用一对背靠背引物扩增整条模板,其中一条携带突变,从而把确定的改变引入质粒。用 DpnI 消化甲基化的亲本模板、再平端连接,即得闭合的突变质粒。

原理与公式

正向引物 = 目标位点上游紧邻的模板碱基 + 替换序列 + 下游紧邻碱基,两侧长度由你设定。反向引物是它的反向互补,两者反向扩增整条质粒。报告中的产物即把目标区间替换后的模板。

演算示例

要把 300 bp 模板的第 12 位由 G 改为 A:起点 = 终点 = 12,替换填 A,侧翼 20 bp。正向引物 = 第 12 位之前的 20 个碱基 + A + 之后的 20 个碱基,共 41 nt,是典型的定点突变引物长度。

适用场景

适合单个残基替换、标签或酶切位点等小片段插入、以及干净的缺失。改动超过约 25 bp 时,建议拆到两条引物上,或改用双片段组装。

常见问题

侧翼该多长?
突变两侧各有 10–15 bp 完全匹配的模板序列通常足够,引物总长约 25–45 nt。侧翼更长会提高退火温度并增加成本。
为什么要用 DpnI 处理?
亲本质粒在大肠杆菌中复制因而被甲基化,PCR 产物则没有。DpnI 只切甲基化模板,从而去除野生型背景。
能用它做缺失吗?
可以。把要删除的区间填进去、替换序列留空,长度变化会显示为负数。
插入怎么做?
令起点 = 终点 + 1 使区间为空,再填入要插入的序列,产物会正好增加相应长度。