Golden Gate 组装工具
按指定顺序组装 Type IIs 部件 —— 逐个检查 4 nt 粘性末端，并看清每个接缝留下的疤痕。
至少粘贴两个片段，顺序即拼接顺序。
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功能简介
Golden Gate 组装用 BsaI、BsmBI 这类 Type IIs 酶：它们在识别位点之外切割，释放出带自定义 4 nt 粘性末端的部件。由于识别位点会被切掉，酶切与连接可以在同一管里反应到底。本工具模拟该反应的序列结果。
原理与公式
当第 i 个部件的右侧末端与第 i+1 个部件的左侧末端互补时两者可连 —— 实际操作中后者取前者的反向互补。若两个末端字符串完全相同，连接会重建出完整的 4 nt 片段，这段序列就作为疤痕留在接缝处；工具会把它列出来，让你看清融合处到底多了什么。
演算示例
右侧末端为 AATG 的启动子，接一个左侧末端为 CATT（其反向互补）的 CDS，接缝兼容。由于 AATG 与 CATT 不是同一串，接缝处不会重复任何碱基 —— 组装序列直接延续。
适用场景
适合搭建 MoClo / GoldenBraid 式的转录单元、复用标准化部件库、以及排查克隆数不对的组装。设计惯例是：同一反应内避免使用回文末端，或彼此只差一个碱基的末端。
常见问题
- Golden Gate 用多长的粘性末端？
- BsaI 与 BsmBI 惯例为 4 nt。SapI、AarI 等留下 3 nt，BbsI 留 4 nt 但间隔不同。
- 为什么下一个部件的末端要是反向互补？
- 因为两个粘性末端是反向平行配对的。若部件 A 顶链末端是 AATG，则部件 B 顶链开头必须是 CATT 才能配对。
- Golden Gate 里的 scar 是什么？
- 接缝处留下的 4 bp 序列。取决于末端的选择，它可能是中性间隔，也可能引入多余密码子 —— 融合编码序列时值得检查。
- 同一次反应能复用同一个粘性末端吗？
- 不能。重复的末端会导致部件错序组装或缺失，一次反应里每个接缝都需要各不相同的末端。