蛋白结构分析器
拖入 PDB / mmCIF / FASTA 结构文件（或直接粘贴序列），读出链与序列、二级结构、氨基酸组成与理化性质。
载入一个结构文件即可开始分析。
还没有可解析的内容。
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功能简介
把结构文件丢进来，它会告诉你文件里实际有什么：几条链、多少残基、每条链的氨基酸序列、二级结构分布、氨基酸组成，以及由序列决定的理化性质——分子量、等电点、pH 7 净电荷、GRAVY 与 280 nm 消光系数。PDB / mmCIF / FASTA 自动识别，下载来的 1abc.pdb 和粘贴的 FASTA 都能直接用，不必先选格式。解析全部在浏览器里完成，文件不会上传。
原理与公式
解析按列进行，因为 PDB 格式就是按列定义的。ATOM / HETATM 记录按链、残基编号与插入码归组成残基，只有聚合物残基计入序列，所以结晶水、离子与配体不会混进序列。二级结构来自 HELIX / SHEET 记录——注意 SHEET 的列位置与 HELIX 并不相同，读错列会让所有 β 折叠记录被静默丢弃。文件里没有这类记录时（多数 mmCIF 文件、以及所有 AlphaFold 模型），改由主链 phi/psi 二面角按简化 DSSP 规则指派螺旋、折叠或无规卷曲。分子量按平均残基质量求和再加一分子水；消光系数用 Pace (1995) 的值：nW×5500 + nY×1490 + (nCys/2)×125。
演算示例
载入内置示例：一段 25 残基的理想 α 螺旋模型 MKAILVAQRTYSHDEWNFKCVLMTI，按 phi = -57°、psi = -47° 的精确几何构建。页面会报出 1 条链、25 个残基、100 个原子、100% 螺旋（取自 HELIX 记录），分子量 2999 Da，等电点 8.70，pH 7 净电荷 +1.04，GRAVY 0.152；组成表显示 2 个 Ala、2 个 Leu、2 个 Lys。含 1 个 Trp 与 1 个 Tyr，且有 1 个无法配对的 Cys，因此消光系数为 6990 M⁻¹cm⁻¹，即 1 mg/mL 溶液的 A280 = 2.33。全序列没有任何窗口的平均疏水性超过 1.6，这正是小分子可溶肽该有的样子。
适用场景
典型场景：结构文件到手，需要的是事实而不是一张图——把链序列导成 FASTA 去设计克隆引物；核对构建体的理论分子量与 SDS-PAGE 条带是否对得上；弄清某个蛋白在离子交换上为什么表现出反常的 pI；或在花实验时间之前确认模型里确实含有你预期的残基。因为读的是文件而不是数据库，未发表模型、AlphaFold 与 Rosetta 输出也都能用。
常见问题
- 能从 PDB 文件里导出 FASTA 序列吗？
- 可以。每条链都列出了一字母序列，各自带复制按钮与 FASTA 下载；文件含多条链时还有一个「全部导出为 FASTA」按钮，把它们写进一个 multi-FASTA 文件。导出的只有聚合物残基——水、离子与配体不会出现。
- 二级结构百分比是怎么来的？
- 文件里有 HELIX / SHEET 记录时取自这些记录，也就是提交者写的注释。mmCIF 与 AlphaFold 模型没有本工具能读取的这类记录，这时改由主链 phi/psi 二面角按简化 DSSP 规则指派，页面上也会明确标注。请把那个数字当作估计值而不是实测值。
- 为什么分子量和其他软件报的不一样？
- 分子量由解析出的序列求和得到，不是读文件头里的数值。非标准残基会被忽略并单独计数，硒代甲硫氨酸等修饰残基按其母体氨基酸计入。与其他工具的小差异通常来自各自排除了哪些残基，或者构建体里是否还留着信号肽——先比对序列，再比对数字。
- AlphaFold 这类预测模型能用吗？
- 可以。预测模型就是普通的 PDB / mmCIF 文件，通常只有一条链、没有 HELIX / SHEET 记录，实验方法与分辨率两栏为空，因此这两行会显示为破折号，二级结构改由 phi/psi 指派。序列、组成、分子量、等电点与疏水性都不受影响。